Heydər Əliyev Fondunun yaradılmasından 9 il ötür. Fond 10 may 2004-cü ildə yaradılıb. Ölkənin birinci xanımı Mehriban Əliyevanın rəhbərlik etdiyi Fondun məqsədləri aşağıdakılardır:

- Görkəmli siyasi xadim Heydər Əliyevin in ölkənin sosial-iqtisadi, mədəni tərəqqisi, sivil dünya birliyinə inteqrasiyası, xalqın maddi rifahının yaxşılaşması naminə müəyyən etdiyi, işləyib hazırladığı siyasətin öyrənilməsinə, təbliğinə və bu ideyaların həyata keçirilməsinə dəstək vermək;

- Azərbaycanın tərəqqisi və xalqımızın rifahı naminə ümumilli lider Heydər Əliyevin zəngin irsindən bəhrələnərək bu işə xidmət edən genişmiqyaslı proqram və layihələrın reallaşmasına kömək etmək;

- Elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekoloji sahələrə aid proqram və layihələr hazırlayıb həyata keçirmək;

- Respublikanın və xarici ölkələrin fondları, QHT-ləri, ictimai təşkilatları ilə əməkdaşlığı genişləndirmək, onlarla birgə layihələr həyata keçirmək;

- Yerli əhəmiyyətli sosial problemlərin həllinə yardımçı olmaq, xüsusi qayğıya ehtiyacı olan insanlara kömək göstərmək;

- İnsanların yaradıcı potensialının, bilik və bacarıqlarının aşkara çıxarılmasına, qabiliyyətlərini göstərməsinə, inkişaf etdirməsinə yardım etmək;

- Azərbaycan mədəniyyətinin geniş təbliği, sağlam mənəvi dəyərlərin qorunması ilə bağlı aparılan işlərə kömək etmək;

- Uşaq və gənclərin hərtərəfli biliklərə malik vətəndaş kimi yetişdirilməsi işinə xidmət etmək;

- Azərbaycan Respublikasının beynəlxalq nüfuzunun artırılması ilə bağlı tədbirlərin həyata keçirilməsinə yardım göstərmək;

- Azərbaycan həqiqətlərini dünya ictimaiyyətinə çatdırmaq;

- Respublikanın və xarici ölkələrin təhsil müəssisələri ilə əməkdaşlıq etmək ;

- Elmi tədqiqatların aparılmasına yardım göstərmək;

- Xarici ölkələrin tanınmış elmi-tədqiqat mərkəzləri ilə alimlərin mübadiləsini təşkil etmək, ölkənin yaradıcı və elmi potensialının artırılmasına kömək etmək;

- Uşaq müəssisələrinin infrastrukturlarını inkişaf etdirmək;

- Səhiyyə və tibbi təsisatları inkişaf etdirmək;

- Ekologiya sahəsində mühüm tədqiqatları dəstəkləmək, sağlam həyat tərzini təbliğ etmək;

-Azərbaycan Republikasının ərazisində və xaricdə aktual mövzulara dair konfrans və seminarlar təşkil etmək;

- Uşaqların, yaradıcı gənclərin, incəsənət xadimlərinin sərgilərini təşkil etmək;

- Dini tolerantlığın bərqərar olmasına, vətəndaş cəmiyyəti quruculuğuna, qloballaşan dünyaya inteqrasiya prosesində milli-mənəvi dəyərlərin qorunub saxlanılmasına dəstək vermək.

Heydər Əliyev Fondu qeyri-hökumət, qeyri-kommersiya təşkilatıdır. Fondun strukturu özündə kollegial və vahid hakimiyyətli rəhbərlik üsullarını birləşdirir.

Fondun icraçı orqanı Prezidentdir. Fondun prezidenti onun səlahiyyətli qanuni nümayəndəsidir. Prezident proqramların təsdiqlənməsi və onların həyata keçirilməsi üzrə ümumi rəhbərlik, fondun fəaliyyətinin məqsədli prioritetlərinin, strukturunun və kadr tərkibinin müəyyən olunması və nizamnamə ilə müəyyən olunmuş digər məsələləri həll edir.

Fondun işinə bilavasitə rəhbərlik etmək üçün İcraçı direktor vəzifəsi təsdiq olunmuşdur ki, o da Prezident tərəfindən onun vəzifələri sırasına daxil edilmiş səlahiyyətlər çərçivəsində fəaliyyət göstərir. İcraçı direktor Fondun proqram və tədbirlərinə cari nəzarəti həyata keçirir. O, həmçinin onun səlahiyyətləri sırasına daxil edilmiş məsələlər çərçivəsində Fondun səlahiyyətli nümayəndəsidir.

Fondun nəzdində Ekspert Şurası fəaliyyət göstərir ki, onun da əsas məqsədi qəbul olunan qərarların böyük səmərəliliyini və effektliliyini təmin etməkdən ibarətdir. Ekspert Şurası müxtəlif ixtisaslı ekspertlərdən ibarətdir. Ekspertlərin vəzifəsi müvafiq rəyləri, hesabatları və məruzələri hazırlayıb Prezidentə təqdim etməkdən ibarətdir. Şura konsultativ strukturdur.