İşğal altında qalan Ağdam rayonunun təbii sərvətləri 19 ildir ki, talan edilir. İşğaldan əvvəl rayonun 1736 hektar dövlət meşəsi, 710 hektar kolxoz meşəsi, 560 hektar yol, su və kanal kənarı, şəhərətrafı meşə sahələri var idi.

Ağdam rayonun ümumi ehtiyatları 64863 min m3 olan mişar daşı, 140464 min ton Çobandağ əhəngdaşı, 44708 min ton Boyəhmədli və 25197 min ton Şorbulaq gil yataqları işğal olunmuş ərazilərdə qalıb.

Rayon ərazisindən keçən ən iri çay olan Xaçınçayın uzunluğu 104 km, su toplayıcı sahəsi isə 657 km2-dir. Ağdam şəhərində yaşı 150-250 ilədək olan 14 ədəd Şərq çinarı, Boyəhmədli kəndi ətrafında isə yaşı 400 ilə çatan 71 ədəd Şərq çinarı təbiət abidəsi kimi qorunurdu.

Azərbaycan Respublikası Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyinin “İşğal olmuş Azərbaycan ərazilərində ətraf mühitə və təbii sərvətlərə dağıdıcı təsiri müəyyənləşdirən (izləyən) operativ mərkəz”i işğaldan sonrakı dövrlərdə rayon ərazisində təbii sərvətlərin ermənilər tərəfindən dağıdılması faktlarını aşkar edilib. Nazirliyin mətbuat xidmətindən ANS PRESS-ə verilən məlumata görə, işğal olunmuş ərazilərdən yaşı 400-ə çatan şərq çinarı növündən olan ağacların doğranaraq Ermənistan istiqamətində aparılması və iri gövdəli ağacların qırılaraq yığıldığı müşahidə edilib.

Rayonun işğal altında olan Novruzlu, Yusifcanlı, Mərzili, Baş Qərvənd, Kəngərli, Çəlik, Qaradağlı-Kəngərlisi, Göytəpə, Gülçülük kəndlərində və Uzundərə, Yedixırman, Şahbulaq dağ massivlərində erməni hərbçiləri tərəfindən ümumilikdə 17457 hektar otlaq sahəsi yandırılıb. Yanğın zamanı “Qırmızı kitab”a və Beynəlxalq Təbiəti Mühafizə İttifaqının “Qırmızı siyahısına” düşmüş müxtəlif sayda turac, qırqovul və gürzə məhv olub.